Dimulai dari Tahun 2016, Pengadilan Negeri Fakfak Kelas ll mencoba melakukan perubahan pola pikir aparatur dalam Standar Pelayanan Publik dan kinerja aparatur Pengadilan Negeri Fakfak. Perubahan baik didalam dan luar gedung Pengadilan Negeri Fakfak dan inovasi-inovasi pelayanan publik direncanakan dan dilakukan. Seiring dengan komitmen pimpinan dan seluruh aparatur Pengadilan Negeri Fakfak untuk mendukung visi misi Mahkamah Agung Republik Indonesia terutama dalam hal mutu pelayanan pengadilan.

Dengan sangat membanggakan Pengadilan Negeri Fakfak berhasil memperoleh Sertifikat Akreditasi Penjaminan Mutu (APM) dengan predikat "A" (Excelent) dari Dirjen Badan Peradilan Umum, dengan Nomor: TAPM.157/QMR/SERTIFIKAT/11/2017 yang diserahkan pada tanggal 29 November 2017 di  Makassar. Sertifikat Akreditasi tersebut menjadi sebuah kebanggaan, motivasi dan memicu semangat kerja aparatur untuk dapat mempertahankan standar pelayanan publik dan meningkatkannya lebih lagi dimasa depan baik dalam hal layanan publik dan kinerja aparatur yang ada didalamnya.