Pengadilan Negeri Fakfak merupakan  salah satu bagian dari Pengadilan Tinggi Jayapura yang terbentuk berdasarkan Penetapan Presiden (PenPres) Nomor 12 Tahun 1965 tanggal 22 Mei 1963, Lembaran Negara Republik Indonesia Nomor 42 Tahun 1963. Dahulu bernama Pengadilan Tinggi Irian Barat, berkedudukan di Holandia (Jayapura) yang membawahi seluruh Pengadilan Negeri di wilayah Provinsi Irian Barat. Seiring perkembangan waktu nama Pengadilan Tinggi Irian Barat tersebut terakhir berubah menjadi Pengadilan Tinggi Jayapura yang kini meliputi dua Provinsi yaitu Provinsi Papua dan Provinsi Papua Barat.

Adapun Pengadilan Negeri Fakfak berada dibagian Provinsi Papua Barat dan berkedudukan di Jalan Yos Sudarso nomor 92 Fakfak Papua Barat. Sebelah timur berbatasan dengan tanah kantor pengadilan dan rumah dinas hakim, sebelah barat berbatasan dengan jalan raya , sebelah selatan berbatasan dengan tanah adat dan sebelah utara berbatasan dengan tanah adat. Pengadilan Negeri Fakfak berdiri pada tahun 1967 di Jazirah Onim berdasarkan surat keputusan Mahkamah agung Bahwa disetiap Kabupaten harus ada Pengadilan Negeri dengan luas wilayah hukum sesuai dengan luas wilayaha kabupaten. Pada tahun tersebut Pengadlan Negeri Fakfak masih berada dibawah wilayah Pengadilan Negeri Manokwari dan berdiri sendiri tahun 1968 dengan nama Pengadilan Negeri Ekonomi Fakfak yang mempunyai wilayah hukum dari Fakfak , Kaimana sampai Timika. Gedung pertama yang digunakan Pengadilan Negeri Fakfak dalam menjalankan segala aktifitasnya adalah gedung PEMDA lama. Dan baru tahun 1983 Pengadilan pindah dijalan Yos Sudarso sampai saat ini. Dengan wilayah hukum yang baru meliputi Fakfak dan Kaimana.

Seiring dengan pemekaran Provinsi Papua Barat sesuai Undang-Undang Nomor : 45 Tahun 1999 tentang Pembentukkan Provinsi Papua Barat maka Pengadilan Negeri Fakfak harus segera melakukan Kebijakan Strategis, Peningkatan Kinerja, Pembenahan Sumber Daya Manusia, serta Peningkatan Anggaran maupun Pembangunan Infrastruktur pada Pengadilan Negeri Fakfak mengingat secara geografis sangat berbeda dengan daerah lain sehingga harus didukung dengan sarana transportasi udara yang sangat Dominan digunakan yang mengakibatkan biaya tinggi.

Pengadilan Negeri Fakfak bertugas menyelenggarakan administrasi pengadilan, dimana oleh undang undang dibedakan dalam 2 (dua) administrasi yaitu administrasi perkara dan administrasi  umum.  Dalam  menyelenggarakan  administrasi  pengadilan,  pada  awal terbentuknya personil di Pengadilan Negeri Fakfak hanya berjumlah + 10 orang yang terdiri dari Ketua, Wakil Ketua, Hakim, Panitera Sekretaris, dan pegawai.